枯草芽孢杆菌改良土壤主要表现在调节土壤养分、改变土壤微生物菌群结构、分解土壤残留农药等方面。

调节土壤养分：枯草芽孢杆菌及其分泌物可加速氮、磷与钾的矿化与释放，从而提高土壤养分。不过枯草芽孢杆菌自身生长和繁殖会消耗土壤中的有机质，所以建议和有机肥一同使用。

改变土壤微生物菌落结构：健康土壤中一般是细菌数量>放线菌数量>真菌数量，但在土壤问题严重时，会使部分真菌如镰刀菌、灰葡萄孢、大丽轮枝菌数量上升，而诱发土传多种土传病害，枯草芽孢杆菌的入驻定殖可改变作物根域土壤微生物的结构和多样性，细菌、放线菌数量明显增加，真菌数量明显降低。

分解土壤残留农药：枯草芽孢杆菌可通过提高土壤中脲酶、蛋白酶、蔗糖酶等的活性，来帮助降解对植物生长有害的物质如部分除草剂、辛硫磷、丙溴磷等。

一方面，枯草芽孢杆菌可促进作物生长；另一方面，枯草芽孢杆菌可提升抗病能力。

促进作物生长：枯草芽孢柑橘通过改良土壤，为作物的根系创造良好的环境及营养条件。此外，枯草芽孢杆菌分泌活性物质可刺激作物生长型内源激素占比上升，如吲哚乙酸、赤霉素等含量增加，脱落酸含量降低等，有助于增产增收。

提升抗病能力：前面我们提到过，枯草芽孢杆菌可降低土壤中病原微生物的数量，但这只是其抗病作用的一部分。

枯草芽孢杆菌具备定殖能力，可以在作物根、茎、叶内部和土壤中成功定殖，当定殖量达到一定水平时(10^4 CFU/g)，可通过抢占空间与营养，阻碍病原菌对作物的侵染与伤害。

同时，枯草芽孢杆菌在定殖后可以产生抗生素、抗菌蛋白等活性物质使菌丝发生扭曲、肿胀和变形，进而抑制病原菌的生长，实现对病害的防治。

枯草芽孢杆菌在土壤中定殖后，会产生大量的植物激素和有机酸，刺激根系的生长，改良土壤质量，促进作物生理代谢，形成良性的植物-土壤-微生物生态系统，从而有效提高作物品质。